Первый номер научно-практического журнала «Теория и практика судебной экспертизы» вышел в 2006 г. после регистрации его как средства массовой информации.
Журнал стал логическим и естественным продолжением сборников «Теория и практика криминалистической экспертизы» (с 1955 по 1962 было выпущено 10 сборников), а также ряда продолжающихся сериальных изданий, в том числе «Экспертная техника» (с 1963 г., 132 выпуска) и сборников научных трудов «Труды ЦНИИСЭ» и «Труды ВНИИСЭ». Всего было выпущено 2 сборника ЦНИИСЭ (Центрального научно-исследовательского института судебной экспертизы) в 1967 и 1970 гг. и 105 сборников ВНИИСЭ (Всесоюзного научно-исследовательского института судебной экспертизы) с 1967 по 2005 гг.
Изначально эти издания предназначались для внутриведомственного пользования сотрудниками судебно-экспертных учреждений (СЭУ) Минюста России, выпускались ограниченным тиражом и были малоизвестны. Но интерес к ним постоянно возрастал, в них стали публиковать работы не только специалистов СЭУ Минюста, но и сторонних авторов, включая зарубежных. Все это сделало выпуск журнала необходимым, и значимость его в судебно-экспертном сообществе страны стала очевидна. Учитывая это, в 2016 году руководство ФБУ РФЦСЭ при Минюсте России, являющегося правопреемником ЦНИИСЭ и ВНИИСЭ, и редколлегия журнала приняли решение сделать журнал открытым.
